Tựa đề phủ có nghĩa là vỗ về, biên có nghĩa là vùng biên cảnh, tạp là gồm nhiều nhiều loại nhiều thứ khác nhau, và lục là ghi chép. Ghép lại Phủ Biên tạp lục có nghĩa là ghi chép việc vỗ yên dân ở vùng biên cảnh. Sở dĩ có tên như vậy vì nó liên quan đến vai trò của ông đã làm sau khi quân Trịnh chiếm vùng Thuận Hóa của chúa Nguyễn và chúa Trịnh Sâm trao chức Hiệp trấn vùng này

Trong thời gian làm việc ở trấn Thuận Hóa, ngoài công việc của một chức quan ông còn dành thời gian ghi lại những điều mắt thấy tai nghe, ông đã cẩn trọng đối sánh, xác minh, chỉnh lý và hệ thống để rồi cuối cùng cho ra tác phẩm Phủ Biên tạp lục này, bộ sách được hoàn thành vào khoảng năm 1776

Nguyên bản chữ Hán của bộ sách được lưu trữ trong kho thư tịch cổ của Thư viện Viện khảo cổ Sài Gòn, bộ sách hiện còn tất cả sáu quyển

1. Quyển 1:

• sự tích khai mở, xây dựng và khôi phục hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam
• Tên các phủ, huyện, tổng, xã, thôn, trang, trại ở hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam

1. Quyển 2:

• Hình thế núi sông, thành lũy, trị sở, đường sá, trạm dịch ở hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam

1. Quyển 3:

• Công tư điền trang, bãi đất và tổng số trưng thu lúa gạo theo lệ cũ ở hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam
• Lệ cũ về các ti, quan thuộc chức và thủ binh sĩ ở hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam
• Số ngạch nhân đinh, các hạng duyệt tuyển, các hạng giản tuyển và lệ cũ về tổng số phân bổ quân hiệu thuộc hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam

1. Quyển 4:

• Lệ thuế đầu nguồn, tuần ti, ao đầm, sông bến, thuế chợ và thuế chuyên chở vàng, bạc, đồng, sắt

1. Quyển 5:

• Nhân tài và thơ văn

1. Quyển 6:

• Sản vật và phong tục